Пришлось мне как-то разрабатывать на Java проект, который был завязан на работе с базой данных MySQL. Я нашёл в Сети класс, который удобно работает с SQLite, и переделал его для работы с MySQL, собственно сделать это было нетрудно, дополнительно в этот класс можно добавить несколько методов для удобной работы, но это уже на Ваше пожелание. Собственно, для своих задач эти методы я создавал, а Вам они будут скорее всего не пригодятся, оставлю самые общие лишь.

Добавлены некоторые методы, возвращающие массив объектов из базы данных, переделать можно по своему усмотрению.

Уточняю, этот класс работает с базой данных минуя ORM, т.е. не использует ORM.

package example.Database;

import java.sql.Connection;
import java.sql.DriverManager;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
import java.sql.SQLException;
import java.sql.Statement;
import java.util.ArrayList;

public class MySQLConnect {

    private Connection con = null;

    public MySQLConnect() {
        //для того, чтобы подключение можно было сделать позже
    }

    public MySQLConnect(String url, String port, String dbName, String login, String pass) {
        setConnection(url, port, dbName, login, pass);
    }

    public MySQLConnect(String url, String dbName, String login, String pass) {
        setConnection(url, "3306", dbName, login, pass);
    }

    public void setConnection(String url, String port, String dbName, String login, String pass) {
        try {
            if (port == null) {
                port = "3306"; // если порт не указан, то порт по умолчанию
            }
            Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
            con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://" + url + ":" + port + "/" + dbName, login, pass);
        } catch (ClassNotFoundException ex) {
            System.err.println("MySQLdb: Cannot find this db driver classes. Install com.mysql.jdbc driver!");
        } catch (SQLException e) {
            System.err.println("MySQLdb: Cannot connect to " + dbName);
        }
        if (con != null) {
            System.out.println("Connection to DB established successfully.");
        }
    }

    public Connection getConnection() {
        return con;
    }

/*	метод, выполняющий просмотр базы данных, по сути не нужный,
*	т.к возвращает лишь успешно ли выполнена операция, но для
*	примера выполнения запроса, оставлю 
*/
    public boolean executeQuery(String query) {
        try {
            Statement st = con.createStatement();
            ResultSet rs = st.executeQuery(query);
            rs.close();
            st.close();
            return true;
        } catch (SQLException e) {
            System.err.println("There are problems with the query " + query + " in method "executeQuery"");
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
    }

    public void executeUpdate(String query) { //метод, выполняющий изменения в БД
        try {
            PreparedStatement statement = con.prepareStatement(query);
            statement.executeUpdate();
        } catch (SQLException e) {
            System.err.println("There are problems with the query " + query + " in method "executeUpdate"");
            e.printStackTrace();
        }
    }

    public Object[][] getQueryResultByParam(String query, String idColumnName, String param) {
        try {
            Statement st = con.createStatement();
            ResultSet rs = st.executeQuery(query);

            ArrayList idArrayList = new ArrayList();
            ArrayList dataArrayList = new ArrayList();

            while (rs.next()) {
                idArrayList.add(rs.getString(idColumnName));
                dataArrayList.add(rs.getString(param));
            }

            Object[][] result = new Object[2][];

            result[0] = idArrayList.toArray();
            result[1] = dataArrayList.toArray();

            rs.close();
            st.close();
            return result;
        } catch (SQLException e) {
            System.err.println("There are problems with the query " + query + " in method "getQueryResultByParam"");
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }

    public Object[][] getQueryResultByParam(String query, String param) {
        return this.getQueryResultByParam(query, "id", param);
    }

    public Object[][] getParam(String tableName, String param) {
        return this.getQueryResultByParam("SELECT id, " + param + " FROM " + tableName + " WHERE deleted = '0' ORDER BY id", "id", param);
    }
}